口罩短缺成為林鄭政府在抗疫工作崩潰的致命傷之一，不但醫護人員工作時捉襟見肘，連長者都要通宵達旦露宿輪購。港府提交中央的報告披露，醫管局口罩供應短缺的真正原因，是其主要供應商的廠房設於內地，生產貨源被中央「調控」，導致連恆常訂購的口罩都無法付運。報告形容醫管局庫存量「岌岌可危」，若不容許廠商預留產能向香港供貨，香港抗疫工作勢陷癱瘓。
醫護防護裝備不足的消息，疫症期間每日傳出，單是外科口罩和N95口罩，不同醫院的醫護人員都面臨限用、禁用或要重用的情況，安全和士氣均大受打擊。政府向中央提交的報告指出，疫情下內地物資短缺，但醫管局以至全港的絕大部份醫療物資，都來自供應商在內地的廠房，海外直接採購亦處處受制，令物資供應相當緊張。
報告披露，包括麥迪康醫療在內的醫管局主要物資供應商，由於設於內地的廠房被中央「調控」，導致在疫症爆發前按合約恆常訂購的口罩和防護裝備都無法如期付運；報告指即使醫管局盡量壓縮非必要服務，但目前亦只得一至兩個月的庫存量，形容情況「岌岌可危」；又指如事態沒有轉機，香港整個醫療系統會面對「極大衝擊」，甚至癱瘓全港抗疫工作，「後果不堪設想」，評估狀況比平日對公眾交代時嚴重得多。
政府在報告陳列為增加口罩供應實行的措施，包括海外直接採購、增加懲教署產量、協助本地增設生產線等；不過港府仍表示「急切需要中央政府的協助和理解」，希望中央可容許麥迪康等供應商預留產能，向醫管局供應口罩、面罩、保護衣等防護裝備。
