《南華早報》於2013年7月13日，在其中文網站刊出該報記者劉怡對馬雲的一篇專訪。文章引述馬雲稱，已故中共領導人鄧小平在1989年下令鎮壓「六四」民運的決定，是不完美但是「最正確的決定」。一批前「六四」民運人士為此曾聯名要求馬雲為此言論公開道歉。
5日後，《南早》記者劉怡在facebook上發表聲明表示，有關訪問最初上傳到《南早》網站時，並非最終修訂版本，而是刊出了錯版，為此向馬雲先生致歉，並將辭去《南早》的工作。
《南早》編輯部後來發表聲明指出，劉怡未經授權擅自進入系統，對已由編輯同意刊發的最後定稿進行刪改。刪改後的版本，則是將受訪者馬雲對六四的言論刪除。這與採訪的錄音原始記錄不相符。
聲明還說：「我們發現後，馬上恢復文章的原貌。同時，我們暫停該名員工的工作，並展開全面內部調查。就在調查期間，劉怡卻於7月19日提出辭職。但是《南華早報》對該報道的真實性確信不疑。《南華早報》將繼續按公司員工紀律規定，進行調查。」
