1. Beasts, Germs and the Superorganism
有史以來最受歡迎的關於細菌的一本書，讀起來好像是一本戰爭手冊。這本名為《微生物獵人》的書，所指的是19 世紀的一群先驅科學家，包括路易斯·巴斯德，和羅伯特·科赫。這本書將這些人形容為一群聖戰鬥士，旨在從惡魔病菌中拯救人類。它告訴我們，如果沒有這些勇敢的“死亡戰士”，微生物（細菌）可能會在地球上到處橫行，殘酷地宰殺婦女和兒童。這些偉大的微生物獵人是無情的。他們的座右銘是：“找到微生物，殺死微生物 ”。在與致命的微生物戰爭中，他們有一個秘密武器，一種叫做抗生素的 “魔法子彈”。自1926年出版以來，《微生物獵人》已售出數百萬冊。新入行的醫生仍然像閱讀訓練營手冊一樣的閱讀它。
自從這本書的作者巴斯德在1880年代首次宣布 “微生物是人類的一種威脅” 以來，科學家們就一直用一顆又一顆的靈丹妙藥，像獵殺水牛一般地獵殺細菌。雖然巴斯德無意製造這種敵意，但他的發現卻讓生物學家走上了戰爭之路。這位著名的法國科學家也不相信細菌是導致疾病的唯一因素。他知道宿主（不論是動物還是人類）的健康狀況，甚至其體溫，都與微生物本身的殺傷能力息息相關。
細菌不僅是我們的祖先，也是我們第一大的生命維持系統。他們清潔我們的水，淨化空氣並把動物和人的屍體好好處理。他們不是殺害和入侵生命，而是滋養和保護生命。作為地球上最古老、最聰明、數量最多的生命形式，細菌在互相協調分工合作之下型成一個超級有機體 Super-Organism。只有當人類踐踏細菌邊界，違反不成文的細菌與人類的契約時，細菌才變成殺人機器。沒有其他物種像人類一樣如此擾亂和挑戰這個細菌超級有機體。
令科學家們永遠感到不安的是，細菌的數量總是會超過人類。細菌也是經久不衰的生物。當食物稀缺時，不同的細菌還會匯集它們的資源以求生存。細菌很久以前就定居在人類的皮膚、鼻子、嘴巴、腸道和生殖器上，在那裡它們與人類和平共處。人類是由細菌構成的，被細菌包圍，亦依賴細菌。微生物是地球上最繁忙的創造者和破壞者。沒有它們，地球將會變成死物、只是一堆死去的植物和人類不能分解的殘渣與糞便。
病毒是漂浮的遺傳物質，像喪屍一般沒有真正的生命，直到它們侵入屬於動物、或植物，或細菌的特定細胞，並劫持其生命維持系統以進行自我繁殖時，病毒才會真正復活。病毒可以引發物種的進化和變化。雖然它們比細菌小，但這些微小的微生物同樣無處不在。病毒通過引起大疫潮以及隨之而來的死亡，把細菌數量控制。
細菌將地球從火山荒地變成了能夠養活植物、真菌、動物和人類的綠色土地。當恐龍和猛獁像等更笨的生物被地球的巨變滅絕，生命力極強的細菌部落不但止輕易地適應並變得更蓬勃。細菌生存的最大秘密是它們應變的能力。與人類不同，細菌具有令人難以置信的遺傳基因統一性。當它們面對危害它們的威脅，細菌只需要從其他細菌的細胞中訂購挽救生命的替代基因，就可以延續生命。
直到大約一萬年前，人類和超有機體還相對和平地生活在一起。在這個相互寬容的時代，獵人和採集者在這片土地上幾乎沒有留下足跡，沒有明顯擾亂生態環境，因為他們將人數保持在叢林（原始的雜貨店）可以維持的水平。他們沒有積累一大堆垃圾，也沒有從一個獵場飛到另一個獵場，讓自己暴露在陌生的微生物群中。
當人們開始“人口大膨脹”並開始進軍殖民整個地球時，這個短暫的細菌與人類和平共存的日子就結束了。當獵人缺乏可供獵殺的大形動物時，農業革命真正開始了，他們開始馴服各種野生植物和動物。他們“徵募”了小麥、大麥、豌豆、扁豆、大米、紅薯、芋頭、驢、綿羊、豬、山羊、鴨和雞。到處都有人開始聚集。他們都開始宣揚新的福音：“奴役其他物種，以幫助人類繁衍和統治更多物種，是上天賦予人的專利。”
這種激進的驅動沒有考慮到細菌超級有機體的反應。通過破壞土壤並馴服牛群和山羊，人類與前所未有的微生物發生相撞。農業通過匯集各種病毒、真菌和細菌，創造了一個共同的疾病超級市場。當狗成為人類最好的朋友時，麻疹也成為人類的朋友。隨著牛群而來的就是肺結核和白喉。鼻病毒（普通感冒）可能是跟着馬匹一齊來的。炭疽病就從土壤中冒出來。這些生物碰撞可能對所有相關物種來說都是一次大沖擊。
當突然進入一個全新的環境，一些微生物驚慌失措並死亡，而另一些則繼續瘋狂地向人類大開殺戒。但隨著時間的推移，許多微生物逐漸學會了與農民一起生活，因為讓人們活著卻符合他們的利益。如果他們殺死宿主，他們將失去居所和食物來源。至於人類，在最初的打擊過後，人體免疫系統也隨著持續的感染而發生變化和適應。
但是大規模的疾病大流行就要等到農業生產的增加，允許越來越多的閒人聚集在城市，才開始出現。像蜂巢一般高密度的城市生活為超級有機體提供了擴張的大好機會。當大城市內的人近距離與他們製造的垃圾堆相處時，城市人就無意中成為了超級生物體的美味晚餐了。
與精力充沛的獵人和採集者不同，相對少運動的城市居民不那麼健壯。他們的飲食不太健康。他們呼吸的空氣和飲用的水都受到污染。還有酒精、吸煙和毒品，以及城市生活的種種壓力。當病毒選擇此時發動攻擊時，人類脆弱的免疫系統就無法發揮作用了。
不斷的耕地和砍伐森林也招來了其他寄生蟲。對荒野的破壞迫使老鼠、老鼠、蜱蟲、跳蚤和蚊子與人類生活得更接近。 這些清道夫帶來了真正的驚喜，如鼠疫、兔熱病、斑疹傷寒和瘧疾。當十萬人口的城市開始出現時，大滅絕的瘟疫也變得像雷暴一樣的普遍。
古希臘時代的希波克拉底（醫學之父）認識到，除非人類健康發生巨大變化或土地健康發生巨大變化，否則疾病不會降臨。他認為人類製造病毒大流行，就像麵包師烤餡餅一樣的容易。19世紀醫學改革家魯道夫·維爾肖 (Rudolf Virchow) 也同意以上的見解。他發明了有史以來最好、最短的疾病定義：“改變條件下的生活”。 他所說的條件改變是指飲食、貿易、旅行、住房、衣服和天氣——簡而言之，整個環境的變化。Virchow 預測，當生活條件（環境）受到干預，人類與微生物之間的關係就會發生不可預測且通常是致命的變化。
